蛋白质组学与生物信息学杂志
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系统发育谱揭示了脂质结合的结构和功能决定因素

Yoojin Hong、Dimitra Chalkia、Kyung Dae Ko、Gaurav Bhardwaj、Gue Su Chang、Damian B. van Rossum 和 Randen L. Patterson

基因组时代的主要挑战之一是对现有的大量序列信息进行结构/功能注释。事实上，即使有实验证据存在，大多数蛋白质序列数据库也缺乏全面的注释。此外，在结构解析和功能注释的蛋白质结构域内，这些结构域中包含的附加功能并不明显。更复杂的是，氨基酸序列的微小变化可能导致结构和功能的深刻变化，这凸显了对快速可靠的方法来分析此类数据的需求。系统发育谱提供了一种定量方法，可以将蛋白质的结构和功能特性及其进化关系联系起来。使用所有结构解析的 Src-Homology-2 (SH2) 域，我们证明知识库可用于创建可靠注释脂质结合的单氨基酸系统发育图谱。事实上，这些措施将已知的磷酸酪氨酸和疏水袋分离出来，作为脂质结合功能的组成部分。此外，我们确定 Tec 家族激酶的 SH2 结构域以不同的亲和力和特异性与脂质结合。模拟导致 X 连锁无丙种球蛋白血症 (XLA) 的布鲁顿酪氨酸激酶 (BTK) 突变预测这些突变会改变脂质结合，我们在实验中证实了这一点。鉴于这些结果，我们提出 BTK 的 SH3-SH2 结构域中引起 XLA 的突变改变了脂质结合，这可能在 X LA 表型中发挥致病作用。全面的，