蛋白质组学与生物信息学杂志
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基于综合多组学分析预测早期 B 细胞发育中的基因活性

穆罕默德·海达里安、特雷莎·罗密欧·卢佩奇奥、杰文·卡特勒、克里斯托弗·J·米切尔、金民植、阿基莱什·潘迪、芭芭拉·索尔纳-韦伯和凯伦·雷迪

预测基因活性的一种越来越常见的方法是对“活性”染色质修饰进行全基因组染色质免疫沉淀，然后进行大规模并行测序 (ChIP-seq)。为了更好地了解发育调节染色质景观与早期 B 细胞发育调节之间的关系，我们确定了差异活性启动子区域如何能够预测前 B 前和前 B 阶段的相对 RNA 和蛋白质水平。在此，我们描述了一种新颖的 ChIP-seq 定量方法 (cRPKM) 来识别活性启动子，以及一种多组学方法，该方法将启动子染色质状态与正在进行的活性转录 (GRO-seq)、稳态 mRNA (RNA-seq)、推断 mRNA 进行比较稳定性和相对蛋白质组丰度测量 (iTRAQ)。我们证明启动子处的活性染色质修饰是转录和稳态 mRNA 水平的良好指标。此外，我们发现仅在这些细胞状态之一中具有活性染色质修饰的启动子经常预测蛋白质的差异丰度。然而，我们发现许多启动子具有非差异但活跃的染色质修饰的基因也显示出其同源蛋白丰度的变化。正如预期的那样，这一大类与染色质状态分离的发育差异调节蛋白主要使用转录后机制。引人注目的是，我们的 B 细胞发育系统中差异最大的蛋白质 2410004B18Rik 受到转录后机制的调节，进一步分析表明该机制是由微小 RNA 介导的。这些数据凸显了这种综合的多组学数据集如何成为揭示监管机制的有用资源。该数据可访问：https://usegalaxy.org/u/thereddylab/p/prediction-of-gene-activity-based-on-an-integrative-multiomics-analysis