蛋白质组学与生物信息学杂志
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利用小波支持向量机算法预测细菌孔蛋白的跨膜β链

光明贤

为了准确预测细菌孔蛋白的跨膜β链，我们在应用WSVM算法的基础上，提出了一种小波支持向量机(WSVM)算法来预测细菌孔蛋白的跨膜β链。该方法适用于所有已知结构的五种孔蛋白（三种训练蛋白，来自大肠杆菌、荚膜红杆菌和红假单胞菌的孔蛋白，以及两种测试蛋白，来自肺炎克雷伯菌和食酸丛毛单胞菌的孔蛋白）。对于所有五种蛋白质，WSVM 方法预测细菌孔蛋白中跨膜链的平均准确度为 84.9%，比 SVM (81.6%) 和 RNFNN (78.8%) 方法的预测水平更高。SVM的最佳测试结果是带有小波核的预测器，比高斯RBF核的其他三种SVM核函数好84.9%，多项式核和线性核的平均值分别为 81.6%、80.3% 和 79.8%。实验结果证明了所提出的 WSVM 方法的有效性。