蛋白质组学与生物信息学杂志
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缺铁结核分枝杆菌蛋白质组动力学的主成分分析

普拉拉德·饶 (Prahlad K. Rao) 和李清波

本研究的目标是基于高分辨率质谱生成的蛋白质丰度和周转信息，使用主成分分析 (PCA) 对蛋白质组动力学进行多变量分析。我们之前报道过评估缺铁结核分枝杆菌中的蛋白质动态，揭示了涉及蛋白质合成、降解和分泌的细胞过程之间有趣的相互联系（Anal. Chem. 80, 6860-9）。在本研究中，我们使用目标诱饵数据库搜索方法来选择用于定量的肽，错误发现率为 4.2%。我们进一步使用 PCA 来减少数据维度，以便更简单地解释。PCA 结果表明，蛋白质周转率和相对丰度特性在前三个主成分定义的数据空间中近似正交。我们展示了霍特林 T2 (T2) 值作为比较蛋白质功能类别之间变化的量化指标的潜力。T2 值代表蛋白质丰度和周转率的总体变化。对抗原85复合物的仔细检查表明T2正确地预测了抗原85复合物蛋白的协调变化。多维蛋白质动力学数据进一步揭示了抗原85复合物的分泌。总体而言，本研究表明 PCA 是促进多元变量解释的有效手段蛋白质组动力学数据集，否则使用传统方法仍然是一个重大挑战。