蛋白质组学与生物信息学杂志
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分析人 MEC1 慢性淋巴细胞白血病细胞的脂筏蛋白质组

Munther Alomari、Swetlana Mactier、Kimberley L. Kaufman、O. Giles Best、Stephen P. Mulligan 和 Richard I. Christopherson

脂筏是位于细胞外质膜的特殊微结构域，在各种细胞功能中发挥重要作用，包括细胞信号传导、分泌和内吞途径。细胞表面分析，特别是脂筏蛋白质组，由于筏蛋白作为诊断和治疗的新靶点的潜在用途而引起了肿瘤学的兴趣。使用三种不同的方法来鉴定来自人类慢性淋巴细胞白血病 (CLL) 细胞系 MEC1 的脂筏蛋白质组。首先，使用蔗糖梯度超速离心和二维液相色谱串联质谱法 (LC-MS/MS) 富集和鉴定脂筏蛋白。为了确认蛋白质定位于脂筏，使用同量异位标签进行相对和绝对定量 (iTRAQ) 标记与 2D LC-MS/MS 联用，比较甲基-β-环糊精 (MβCD) 去除胆固醇之前和之后的蛋白质组。还通过交联 CD20 的免疫沉淀来鉴定脂筏蛋白，CD20 是一种四跨膜蛋白，在用治疗性抗体利妥昔单抗治疗后易位至脂筏。总共，在 CLL 细胞的脂筏中发现了 643 个蛋白质（蔗糖梯度超速离心后有 580 个蛋白质，MβCD 耗尽了 181 个蛋白质，通过免疫沉淀分离了 199 个蛋白质），所有 3 种方法均鉴定了 64 个蛋白质）。这些数据代表了 CLL 细胞中脂筏蛋白质组的第一个全面概况，包括 30 种以前未知与脂筏相关的蛋白质。