蛋白质组学与生物信息学杂志
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类溶菌酶超家族蛋白氨基酸序列的性质与其折叠机制相关

中岛拓人、镰田道郎、菊池武

如果有关折叠的信息编码在序列中，则预计我们可以仅根据蛋白质的序列来预测蛋白质的折叠机制。这是分子生物物理学和分子生物信息学中长期存在的问题。在这项研究中，我们检查了与共同祖先蛋白不同的类溶菌酶超家族蛋白的折叠，并显示了共同的功能和部分共同的 3D 拓扑结构。我们使用基于残基间平均距离统计和进化分析的方法来仅根据氨基酸序列来识别折叠区域的位置。这些序列的特性表明，同一家族的蛋白质之间的一般折叠机制是相同的。还提出了动物界溶菌酶与 λ 噬菌体中溶菌酶折叠机制的差异。我们将溶菌酶实际 3D 结构中观察到的疏水堆积与本研究的结果进行了比较。我们证实，本研究中预测的可能的重要残基在所检查的溶菌酶的 3D 结构中形成疏水性堆积。这些蛋白质部分共有的 3D 拓扑结构的序列特性意味着这些部分高度参与每个家族的折叠机制。我们还发现所有家族中出现的部分常见 3D 拓扑的疏水相互作用都是保守的。这些保守的疏水接触对于形成共同的拓扑结构可能很重要。这些联系可以被视为对于共同职能具有重要意义。我们证实，本研究中预测的可能的重要残基在所检查的溶菌酶的 3D 结构中形成疏水性堆积。这些蛋白质部分共有的 3D 拓扑结构的序列特性意味着这些部分高度参与每个家族的折叠机制。我们还发现所有家族中出现的部分常见 3D 拓扑的疏水相互作用都是保守的。这些保守的疏水接触对于形成共同的拓扑结构可能很重要。这些联系可以被视为对于共同职能具有重要意义。我们证实，本研究中预测的可能的重要残基在所检查的溶菌酶的 3D 结构中形成疏水性堆积。这些蛋白质部分共有的 3D 拓扑结构的序列特性意味着这些部分高度参与每个家族的折叠机制。我们还发现所有家族中出现的部分常见 3D 拓扑的疏水相互作用都是保守的。这些保守的疏水接触对于形成共同的拓扑结构可能很重要。这些联系可以被视为对于共同职能具有重要意义。这些蛋白质部分共有的 3D 拓扑结构的序列特性意味着这些部分高度参与每个家族的折叠机制。我们还发现所有家族中出现的部分常见 3D 拓扑的疏水相互作用都是保守的。这些保守的疏水接触对于形成共同的拓扑结构可能很重要。这些联系可以被视为对于共同职能具有重要意义。这些蛋白质部分共有的 3D 拓扑结构的序列特性意味着这些部分高度参与每个家族的折叠机制。我们还发现所有家族中出现的部分常见 3D 拓扑的疏水相互作用都是保守的。这些保守的疏水接触对于形成共同的拓扑结构可能很重要。这些联系可以被视为对于共同职能具有重要意义。