蛋白质组学与生物信息学杂志
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抽象的

通过半选择性沉淀进行定量血浆蛋白质组学的蛋白质分级分离

Ekaterina Mostovenko、Hannah C. Scott、Oleg Klychnikov、Hans Dalebout、André M. Deelder 和 Magnus Palmblad

血浆是蛋白质、代谢物和脂质的高度复杂混合物，是一系列疾病和病症的潜在生物标志物的丰富来源。蛋白质丰度的广泛变化对血浆蛋白质组学提出了巨大的挑战。然而，由于相对少量的蛋白质构成了总蛋白质库的大部分，因此可以通过消耗丰富的蛋白质（例如白蛋白）来压缩浓度范围。为了降低样品复杂性并提高蛋白质覆盖率，我们开发了基于不同pH下乙腈半选择性沉淀的样品制备方法，并结合不同的搜索策略构建了数据分析管道。我们提出的方法是可重复的并且易于并行化（高吞吐量），并且可能非常适合在大型临床研究中分离血浆以进行无标记定量蛋白质组学。通过向样品中添加等体积的乙腈并将 pH 值调节至 5，可去除高达 90% 的白蛋白和其他丰富的蛋白质。