蛋白质组学与生物信息学杂志
开放获取

抽象的

胃肠道间质瘤预后生物标志物的蛋白质组学方法

久保田大辅、吉田明彦、菊田和隆、齐藤刚、末原义之、后藤雅宏、河合晃、近藤正

生物标志物开发是癌症蛋白质组学的一个主要研究主题。癌症是一种遗传和临床多样化的疾病，迫切需要用于风险分层治疗的生物标志物。蛋白质组学发现了相当多的候选生物标志物，并且在过去十年中已经开发出蛋白质组学模式来识别有前途的候选物。涉及独立队列中的数百个样本的验证研究是证明任何已发现的候选生物标志物的临床实用性的下一个挑战。在这里，我们回顾了我们利用蛋白质组学方法开发组织生物标志物的努力。为了开发胃肠道间质瘤（GIST）的预后生物标志物，我们检查了 17 名具有不同复发风险和术后预后的 GIST 患者的原发肿瘤的蛋白表达谱。通过二维差异凝胶电泳和质谱的比较研究，我们发现pfetin的过表达对GIST患者具有特异性，且转移风险低，术后预后良好。使用免疫组织化学，我们检测了四家医院另外 422 例 GIST 病例中的 pfetin 表达，并证实原发肿瘤 pfetin 阳性的 GIST 患者在所有四个队列中均具有显着良好的预后。此外，另一个研究小组独立验证了pfetin在两家医院的62例GIST中的预后意义。发现 Pfetin 是一个独立的预后因素，在所有基于肿瘤大小和有丝分裂状态的风险分类组中具有显着的预后效用。除了 pfetin 之外，我们还使用蛋白质组学方法将 DDX39 确定为不良预后的生物标志物，并使用基于知识的方法将 KCTD10 确定为良好预后的标志物。我们的经验证明了蛋白质组学在生物标志物发现中的实用性，以及 pfetin 在 GIST 风险分层治疗中的可能临床应用。