蛋白质组学与生物信息学杂志
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镁胁迫对从纤维素分解地衣芽孢杆菌 YNP5-TSU 中分离的生物膜相关蛋白的蛋白质组学影响

Joshua A O'Hair、李慧、Mahesh Rangu、Santosh Thapa、Yong Yang、Tara Fish、Sarabjit Bhatti、Theodore W. Thannhauser、Suping Zhou*

纤维素酶活性的优化对于合成第二代生物燃料生产的最终产品至关重要。发酵参数最轻微的变化都会减少降解纤维素生物质所需酶的分泌。确定某些关键培养基成分的生态效应对于了解细菌物种在流体环境中如何反应至关重要。在我们的实验中，设计了一种纤维素介质来增强工业上重要的嗜热菌——地衣芽孢杆菌YNP5-TSU。经过多次尝试简化羧甲基纤维素 (CMC) 培养基成分后，发现生物膜成熟和纤维素酶活性受损。仅当从培养基中除去硫酸镁时，才会出现这种负面现象。为了分析镁胁迫引起的基因表达变化，从对照（4.0 mM MgSO ₄）和镁贫化（0.0 mM MgSO _{4 ）中提取生物膜相关蛋白。}) 24 小时和 48 小时孵育期的培养基。这些蛋白质通过同量异位标记和 NanoLC-MS/MS 生成的原始数据进行定量，从地衣芽孢杆菌 YNP5-TSU 蛋白质组中鉴定出 2,000 多种蛋白质（NCBI 登录号 MEDD00000000）。在计算统计标准化和错误发现率后，来自贫镁培养基的总共 161 个蛋白质和来自对照培养基的 238 个蛋白质被认为具有统计相关性。通过 STRING 互连网络、数据挖掘和 NCBI 注释的仔细观察，发现了几种与生物膜形成和纤维素酶分泌相关的上调/下调蛋白质。在这项研究中，我们能够提供重要的证据：(1) 生物膜成熟和纤维素酶产生高度相关，并且 (2)、