转录组学：开放获取
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抽象的

嘌呤霉素选择混淆了原代人成红细胞的 RNA-Seq 谱

郭 RL、李 YT、伯恩斯 C 和米勒 JL*

慢病毒转导后进行嘌呤霉素选择是使用多种细胞类型（包括人类造血干细胞和祖细胞）进行基因转移和表达实验的公认程序。尽管其应用广泛，但关于细菌嘌呤霉素 N-乙酰转移酶 (pac) 基因表达在哺乳动物细胞培养物中的潜在影响的研究尚不完整。这里使用经过充分研究的人类红细胞生成模型检查了嘌呤霉素选择影响转录组谱的潜力。使用来自六名成年健康人类供体的原代 CD34(+) 细胞进行实验，这些细胞用两种市售的 pac 编码慢病毒载体转导，并与未转导的对照细胞进行比较。RNA-Seq 基因表达谱是在原红细胞分化阶段生成的，然后在R-Studio软件中使用DEseq2分析差异基因表达。基因表达谱的供体间变异以及转导单独的慢病毒载体后嘌呤霉素选择的群体之间的变异表现为RNA检测水平的显着差异小于0.1%。然而，与未转导的对照相比，pac 基因转导后的嘌呤霉素选择导致超过 5% 的 mRNA 发生显着变化。结果表明，应考虑嘌呤霉素选择可能会混淆 RNA-Seq 转录组谱的解释。基因表达谱的供体间变异以及转导单独的慢病毒载体后嘌呤霉素选择的群体之间的变异表现为RNA检测水平的显着差异小于0.1%。然而，与未转导的对照相比，pac 基因转导后的嘌呤霉素选择导致超过 5% 的 mRNA 发生显着变化。结果表明，应考虑嘌呤霉素选择可能会混淆 RNA-Seq 转录组谱的解释。基因表达谱的供体间变异以及转导单独的慢病毒载体后嘌呤霉素选择的群体之间的变异表现为RNA检测水平的显着差异小于0.1%。然而，与未转导的对照相比，pac 基因转导后的嘌呤霉素选择导致超过 5% 的 mRNA 发生显着变化。结果表明，应考虑嘌呤霉素选择可能会混淆 RNA-Seq 转录组谱的解释。