病毒学与真菌学
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塞来昔布类似物作为 N-肉豆蔻酰转移酶抑制剂的 QM/MM 对接策略和 Prime/MM-GBSA 计算

Nisha Chandna、Kotni Meena Kumari、Chetan Sharma、Manga Vijjulatha、Jitander K. Kapoor 和 Pawan K. Sharma

开发抑制 N-肉豆蔻酰转移酶 (Nmt) 的化学物质是一种很有前途的辅助治疗方法，可提高
抗真菌药物的功效和选择性。Nmt抑制剂的结合自由能和结合亲和力的可靠预测
可以为合理的药物设计提供指导。在本研究中，应用量子偏振配体对接（QPLD）
策略和Prime/分子力学广义玻恩表面积（Prime/MM-GBSA）计算
来预测一系列塞来昔布类似物作为Nmt抑制剂的结合模式和自由能
，还发现具有良好的抗炎活性。体外抗真菌试验表明这些衍生物
也可作为有效的抗真菌剂。可靠的对接结果显示在配体
结合姿势和对接分数准确性方面均表现出优异的性能。然后，采用基于对接复合物的Prime/MM-GBSA方法
来预测结合自由能。QM/MM 对接和 Prime/MM-GBSA 方法的结合使用在
预测的自由结合能与实验确定的抑制区和
最小抑制浓度 (MIC) 值之间提供了良好的相关性。分子对接结合Prime/MM-GBSA模拟
不仅可以快速准确地预测新型Nmt抑制剂的自由结合能，而且可以
为靶向Nmt的先导化合物发现和优化提供新的策略。