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使用微滴数字 PCR 定量、灵敏地检测福尔马林固定石蜡包埋肿瘤的癌症基因组扩增

Lincoln Nadauld、John F Regan、Laura Miotke、Reet K Pai、Teri A Longacre、Shirley S Kwok、Serge Saxonov、James M Ford1 和 Hanlee P Ji*

对于癌症分析，人们对快速准确地检测含有作为潜在治疗靶点的癌基因的癌症基因组扩增产生了极大的兴趣。绝大多数癌症组织样本均采用福尔马林固定石蜡包埋 (FFPE)，可进行组织病理学检查和长期存档。然而，FFPE 癌症基因组 DNA 经常被降解，并且通常不是许多分子生物学检测的不良底物。为了克服 FFPE 样品 DNA 质量差的问题并以高精度和高灵敏度检测致癌拷贝数扩增，我们开发了一种新方法。我们的检测需要纳克量的基因组 DNA，从而有利于少量临床样本的研究。使用液滴数字 PCR (ddPCR)，即使存在混合的正常组织，我们也可以确定特定基因组位点的相对拷贝数。我们使用对照稀释系列来确定 ddPCR 测定的检测限，并报告与标准相比，其对最少量 DNA 的灵敏度有所提高。实时 PCR。为了开发这种方法，我们设计了一种针对成纤维细胞生长因子受体 2 基因 (FGFR2) 的检测方法，该基因在胃癌、乳腺癌以及其他癌症中被扩增。我们成功地利用 ddPCR 确定了 FFPE 保存的胃肠道腺癌中的 FGFR2 扩增。我们设计了一种针对成纤维细胞生长因子受体 2 基因 (FGFR2) 的检测方法，该基因在胃癌、乳腺癌以及其他癌症中被扩增。我们成功地利用 ddPCR 确定了 FFPE 保存的胃肠道腺癌中的 FGFR2 扩增。我们设计了一种针对成纤维细胞生长因子受体 2 基因 (FGFR2) 的检测方法，该基因在胃癌、乳腺癌以及其他癌症中被扩增。我们成功地利用 ddPCR 确定了 FFPE 保存的胃肠道腺癌中的 FGFR2 扩增。