免疫组学研究
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使用位置扫描组合肽库衍生的 19 种人和小鼠 MHC I 类分子的定量肽结合基序

约翰·西德尼、埃里卡·阿萨森、凯莉·摩尔、桑迪·恩戈、克莱门西亚·皮尼利亚、亚历山德罗·塞特和比约恩·彼得斯

背景：先前已表明，组合肽文库是表征 I 类 MHC 分子结合特异性的有用工具。与其他方法相比，例如池测序或测量单个肽的亲和力，利用位置扫描组合文库提供了 MHC 分子特异性的基线表征，该基线表征具有成本效益、定量且无偏差。结果：在这里，我们展示了该技术在 19 种不同的人类和小鼠 I 类等位基因上的大规模应用。这些包括特征非常明确的等位基因（例如HLA A*0201）、以前几乎没有可用数据的等位基因（例如HLA A*3201）以及与先前的特异性报告相冲突的等位基因（例如HLA A*3001）。对于所有等位基因，位置扫描组合库能够阐明用统一方法定义的不同结合模式，我们在此提供。我们引入了一种启发式方法，将这些数据转化为主要和次要锚定位置及其首选残基的经典定义。最后，我们验证这些基质可分别用于鉴定痘苗病毒和流感病毒系统中的候选 MHC 结合肽和 T 细胞表位。结论：这些数据大规模证实了位置扫描组合文库方法在描述 MHC I 类结合特异性和鉴定高亲和力结合肽（包括 15 个人类和 4 个小鼠 I 类等位基因）方面的功效。这些文库被证明可用于识别特定的主要和次要锚定位置，从而识别更简单的基序，类似于其他方法描述的那些。本研究还提供了可用于预测几个等位基因的高亲和力结合物的矩阵，这些等位基因以前无法获得结合特异性的详细定量描述，包括 A*3001、A*3201、B*0801、B*1501 和 B*1503。