蛋白质组学与生物信息学杂志
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人多巴胺 D3 受体与选择性拮抗剂艾噻必利复合物的量子生物化学描述

Geancarlo Zanatta、Ito L. Barroso-Neto、Victorio Bambini-Junior、Mellanie F. Dutra、Eveline M. Bezerra、Roner F. da Costa、Ewerton WS Caetano、Benildo S. Cavada、Valder N. Freire 和 Carmem Gottfried

为了改善帕金森病和精神分裂症的治疗，提出的策略之一是开发针对 D2 和 D3 多巴胺受体的亚型选择性配体。此类策略的一个重要进展是最近对与拮抗剂艾氯必利复合的人多巴胺 D3 受体结构进行了晶体学阐明，揭示了配体结合袋的重要特征。考虑到这些数据，我们对艾氯必利与 D3 的结合进行了量子生物化学研究，以了解结合口袋处氨基酸残基的影响和个体贡献。使用结合帽方法的分子分级分离和使用局部密度和广义梯度近似在密度泛函理论框架内计算的结合能来评估残基的贡献。模拟表明，艾氯必利与 D3 结合的总相互作用能仅在袋半径至少为 8.0Å 时才稳定。观察到 Asp110 的估计药物-残基相互作用能最强，其次是 Phe345、Phe346、Ile183、Val107、Tyr373、Val189、Trp342、Cys114 和 Val82 氢键和范德华键，后者是排斥残基，在原始晶体学数据分析中不被认为是重要的。