色谱与分离技术杂志
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抽象的

用于深度蛋白质组分析的快速肽溶液内等电聚焦分离

Mastrobuoni G、Zasada C、Bindel F、Aeberhard L 和 Kempa S

质谱仪的分辨率、准确性、灵敏度和速度之间的相互作用，以及与色谱分离和分析时间相关的肽混合物的复杂性，最终决定了“鸟枪”蛋白质组学研究中鉴定的蛋白质的数量。这些参数之一的改进可以提高蛋白质组分析的质量。在这里，我们评估了在基于 LC-MS/MS 的蛋白质组学分析之前对胰蛋白酶肽进行预分级的溶液内等电聚焦 (IEF) 技术。事实证明，溶液内 IEF 是一种在 LC-MS 分析之前进行肽分级分离的简单而快速的方法。通过调整实验程序，该方法能够在不到 48 小时的工作时间内鉴定出属于 5,800 种蛋白质的 44,000 多个肽，从蛋白质提取到 LC-MS 分析结束。该技术已成功应用于分析哺乳动物细胞和不同模式生物的蛋白质组，无需额外的努力或特殊的技术设备。肽的溶液内 IEF 非常稳定，可以与不同的提取程序结合使用。使用标准 LC-MS 系统可鉴定出大量肽，平均蛋白质覆盖率为 25%。每个蛋白质鉴定出的肽的平均数量如此之高，提高了蛋白质种类作为同种型或剪接变体的区分度。因此，溶液中 IEF 是 LC-MS/MS 分析上游基于凝胶的蛋白质组学或其他无凝胶分级分离技术的快速而可靠的替代方案。