生物医学数据挖掘国际期刊

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国际标准期刊号: 2090-4924

抽象的

高通量技术时代的生殖医学

艾哈迈德·阿尔达马希

蛋白质组学在很大程度上是一个创新驱动的领域。我们的愿望是区分、测量和调查细胞中每种蛋白质的翻译后改变和关联共犯的状况。细胞条件下蛋白质的巨大独特焦点范围加剧了蛋白质组的研究。高通量的效果,例如基于质谱的蛋白质组学在受孕药物领域的效果最近已经显现。我们付出了很多努力来创建和改进蛋白质组测试的准备策略,以便能够识别低丰度蛋白质。一种部分治疗方法是取消蛋白质组测试。我们研究了在基本细胞培养框架中清洁和净化输卵管和子宫角分泌蛋白质组的两种方法。我们发现,CH3)2CO 沉淀程序安排的示例与业务部门准备的示例之间识别的点数量没有太大差异。蛋白质测试通过固体阳离子贸易(SCX)流体色谱进行,以便对重要蛋白质进行分级测试。质谱法的蛋白质可识别证据揭示了与高丰度蛋白质相比,低丰度蛋白质的显着识别。配子与雌性受孕批次关联的计算机模型已经建立并进行了检验。我们的发现表明,输卵管通过对每种元素产生明确的反应来识别多种非自体物质。

为了获得必要的早期DNA极体,可以利用卵裂球或滋养外胚层(TE)。第 5 天的测试允许对 TE 进行活检。如果在第 3 天进行活检,嵌合现象仍然是一个问题。由于需要更多时间才能进行第 5 天的活检,因此该方法需要选择性冷冻保存未发育的生物体并在稍后的周期移动。如今,随着许多设施具备玻璃化创新的能力,对活检的未发育生物体/囊胚进行活检和玻璃化提供了一种合理的替代方案。在一项正在进行的即将进行的同伴研究中,Schoolcraft 等人。(2010) 在第 5 天的囊胚中使用 CGH,然后将囊胚玻璃化并在最终的循环中移动。他们的着床率和妊娠率分别为 68.9% 和 82.2%。

最早将常规 CGH 应用于人类初始阶段未发育有机体的报道是在大约 10 年前。要确定数字的重复程度,请与参考(对照)测试进行对比:示例和参考 DNA 用各种彩色荧光测试(绿色和红色)进行标记。检查融合到 BAC 克隆中的较大人类 DNA 片段(大小为 100-200 kb)会产生 BAC,而较小的 DNA 部分(约 60 个核苷酸)则建立寡核苷酸 (oligo) 簇。这两个例子用于将 DNA 固定在展品上,并进行相应的序列绑定。如果测试中的排列重复数没有调整,则将有等效的测试和参考测试 DNA,并且绿色和红色荧光的等效测量将提供净连接的流出阴影(黄色)。

对于重复测试的分组,绿色荧光会多于红色荧光,并且一般会出现绿色放电;另一方面,取消会导致绿色荧光相对于参考测试的红色荧光程度降低,并且红光净流出。通过利用生物信息学设备,每个 DNA 片段的绿色到红色荧光比例都被规划到染色体上,从而形成簇图谱。可以使用各种微阵列 CGH 阶段。例如,位于剑桥的 BlueGnome 组织提供了基于集群的 CGH 协议,允许在 11 小时内对活检极体 (PB) 进行检查。Geraedts 等人完成了标准验证调查。更重要的是,Magli 等人。确定选择性 PGS 的稳定质量,即通过 PB 活检进行 PGS,并结合全基因组强化 (WGA) 和基于微阵列的 CGH 展示检查。Cluster CGH 应用于第一极体和第二极体以评估重复数。然后,同样通过展示 CGH 制备比较受精卵,以在 PB 被视为非整倍体的情况下进行一致性研究。研究推测,通过对两个 PB 进行 CGH 检查,可以准确地预测受精卵的倍性状态。极体活检的一个显着缺点是,这种方法将忽略识别减数分裂 II 期间发生的非整倍体,以及来自父亲出生地的非整倍体。另一方面,早期生物体活检和 CGH 检查可能与冷冻保存相结合。进行全基因组强化 (WGA) 和基于微阵列的 CGH 展示检查。Cluster CGH 应用于第一极体和第二极体以评估重复数。然后,同样通过展示 CGH 制备比较受精卵,以在 PB 被视为非整倍体的情况下进行一致性研究。研究推测,通过对两个 PB 进行 CGH 检查,可以准确地预测受精卵的倍性状态。极体活检的一个显着缺点是,这种方法将忽略识别减数分裂 II 期间发生的非整倍体,以及来自父亲出生地的非整倍体。另一方面,早期生物体活检和 CGH 检查可能与冷冻保存相结合。进行全基因组强化 (WGA) 和基于微阵列的 CGH 展示检查。Cluster CGH 应用于第一极体和第二极体以评估重复数。然后,同样通过展示 CGH 制备比较受精卵,以在 PB 被视为非整倍体的情况下进行一致性研究。研究推测,通过对两个 PB 进行 CGH 检查,可以准确地预测受精卵的倍性状态。极体活检的一个显着缺点是,这种方法将忽略识别减数分裂 II 期间发生的非整倍体,以及来自父亲出生地的非整倍体。另一方面,早期生物体活检和 CGH 检查可能与冷冻保存相结合。Cluster CGH 应用于第一极体和第二极体以评估重复数。然后,同样通过展示 CGH 制备比较受精卵,以在 PB 被视为非整倍体的情况下进行一致性研究。研究推测,通过对两个 PB 进行 CGH 检查,可以准确地预测受精卵的倍性状态。极体活检的一个显着缺点是,这种方法将忽略识别减数分裂 II 期间发生的非整倍体,以及来自父亲出生地的非整倍体。另一方面,早期生物体活检和 CGH 检查可能与冷冻保存相结合。Cluster CGH 应用于第一极体和第二极体以评估重复数。然后,同样通过展示 CGH 制备比较受精卵,以在 PB 被视为非整倍体的情况下进行一致性研究。研究推测,通过对两个 PB 进行 CGH 检查,可以准确地预测受精卵的倍性状态。极体活检的一个显着缺点是,这种方法将忽略识别减数分裂 II 期间发生的非整倍体,以及来自父亲出生地的非整倍体。另一方面,早期生物体活检和 CGH 检查可能与冷冻保存相结合。然后,同样通过展示 CGH 制备比较受精卵,以在 PB 被视为非整倍体的情况下进行一致性研究。研究推测,通过对两个 PB 进行 CGH 检查,可以准确地预测受精卵的倍性状态。极体活检的一个显着缺点是,这种方法将忽略识别减数分裂 II 期间发生的非整倍体,以及来自父亲出生地的非整倍体。另一方面,早期生物体活检和 CGH 检查可能与冷冻保存相结合。然后,同样通过展示 CGH 制备比较受精卵,以在 PB 被视为非整倍体的情况下进行一致性研究。研究推测,通过对两个 PB 进行 CGH 检查,可以准确地预测受精卵的倍性状态。极体活检的一个显着缺点是,这种方法将忽略识别减数分裂 II 期间发生的非整倍体,以及来自父亲出生地的非整倍体。另一方面,早期生物体活检和 CGH 检查可能与冷冻保存相结合。极体活检的一个显着缺点是,这种方法将忽略识别减数分裂 II 期间发生的非整倍体,以及来自父亲出生地的非整倍体。另一方面,早期生物体活检和 CGH 检查可能与冷冻保存相结合。极体活检的一个显着缺点是,这种方法将忽略识别减数分裂 II 期间发生的非整倍体,以及来自父亲出生地的非整倍体。另一方面,早期生物体活检和 CGH 检查可能与冷冻保存相结合。

未发育的生物体的一个细胞含有大约 6 pg 的 DNA。任何簇技术都需要许多纳克 DNA 的基础贡献。随后利用WGA技术检测单细胞基因组CNV。WGA 方法可以是基于 PCR 或非 PCR(等温)策略,例如,初步扩增预扩增常规、简并寡核苷酸制备 PCR、各种移位增强 (MDA)(非基于 PCR)。与过去相比,后者似乎有一些明显的偏好。MDA的最终结果长度足够且诚实,正常项目长度> 10 kb。除了 MDA 技术之外,OmniPlex 是一种有价值的方法,可以从有限的遗传诊断测试测量中获取足够的 DNA。 [79] GenomePlex(Sigma-Aldrich,圣路易斯,MO 63103,美国)- WGA 创新依赖于基因组 DNA 的非酶促任意不连续性。GenomePlex WGA 考虑到了快速且出色的代表,从微量至 10-100 ng 的后续测试中,基因组 DNA 最多可进行 1000 条折痕强化。在此框架中,基因组 DNA 暴露于不规则的复合断裂,然后进行一系列大胆的等温基础增强,将后续的 DNA 片段转变为可扩增的文库,称为 OmniPlex 文库。然后,利用所有包容性基础工作和一定数量的循环,对 OmniPlex 库进行常规强化。为了满足增强基因组 DNA 测试的高通量先决条件,利用 Biomek FX 工作站创建了机器人化策略。

一项正在进行的特殊研究描述了 CGH 技术的临床应用,同时从比例运动转运蛋白和罗伯逊运动转运蛋白中筛选早期生物体,以寻找不平衡的运动从属,以及 24 条染色体中每条染色体的非整倍体状态。此次检查包括28个植入前遗传测定(PGD)周期,为12对夫妇的染色体调整妊娠奠定了基础。将第 3 天未发育的生物体的活检细胞裂解,并通过 WGA 强化 DNA。随后,WGA 项目由 CGH 集群利用 24sure 展品(BlueGnome,剑桥)进行处理。然后选择整倍体初始生物体在类似周期的第 5 天移动。

鉴于此示例的蛋白质组学研究更加简单且非侵入性,FF 呈现出很多有趣的内容。

FF 提供了比物理细胞更简单的蛋白质设计,使蛋白质组学研究更简单。尽管如此,它也有一个缺点,即含有大量的蛋清、免疫球蛋白和其他丰富的血清蛋白。这些蛋白质覆盖了不太丰富的蛋白质,使研究变得很麻烦。随后,必须执行启动器疏散步骤。

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