蛋白质组学与生物信息学杂志
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大肠杆菌保守假设蛋白的筛选和功能预测

威廉·F·波尔图、西蒙娜·玛丽亚·内托、迭戈·奥·诺拉斯科和奥克塔维奥·L·弗朗哥

蛋白质结构可以提供一些功能证据。因此，结构基因组学努力识别假设蛋白质的功能，为我们对生物系统的理解带来了进步。为此，这里描述了一种挖掘蛋白质数据库以寻找功能预测候选者的新策略。该策略适用于存放在 NCBI 非冗余数据库中的大肠杆菌蛋白。简而言之，数据挖掘选择蛋白质数据库中没有显着模板、没有跨膜区域且与真核生物蛋白质相似的小型保守假设蛋白质。通过这一策略，从总共 13,306 个大肠杆菌保守的假设序列中选择了 12 个蛋白质序列进行分子建模。由此，只能对三个序列进行建模。GI 488361128模型与铜氧还蛋白相似，GI 281178323模型与β-桶蛋白相似，GI 227886634模型与脂质结合蛋白结构相似。然而，只有GI 227886634似乎具有与相似结构相关的功能，因为它是在分子动力学模拟过程中保持折叠的独特结构。这里描述的方法可以与选择的假设序列相关，这些序列可以作为体外和/或体内功能表征的目标。因为它是在分子动力学模拟过程中保持折叠的独特结构。这里描述的方法可以与选择的假设序列相关，这些序列可以作为体外和/或体内功能表征的目标。因为它是在分子动力学模拟过程中保持折叠的独特结构。这里描述的方法可以与选择的假设序列相关，这些序列可以作为体外和/或体内功能表征的目标。