临床化学与实验室医学杂志

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基于转录组分析筛选德宝猪和长白猪腰肌特征相关候选基因

张晨毅1 、曾素贤2 、马元鼎1 、郑俊文1 、李欣1 、熊晨勇1 、周宏进1 、魏春涛1 、李宗强

鉴定影响长白猪和德宝猪表型差异的重要基因,特别是代谢和肌肉生长的差异。通过mRNA转录组测序检测长白猪和德宝猪腰大肌差异表达基因。通过提取长白猪和德宝猪腰大肌总RNA,纯化mRNA,构建cDNA文库,进行转录组测序,然后通过测序质量评价,得知本研究的测序质量为相对较高。所有样本中总共检测到17,943个基因,其中已知基因17,870个,新基因73个。用 |log2FC| 定义基因 大于2且Q值小于0.001,筛选为显着差异表达基因。从长白猪和德宝猪样本中共筛选出1661个差异表达基因,其中差异上调基因1255个,差异下调基因406个。通过差异基因分析得出这些基因主要参与代谢调节、肌肉和脂肪发育等过程,特别是一些重要的功能基因如MAPK14、FOS、SIRT1、KRAS、EGR1、CDNNB1等。本研究采用转录组测序方法,再通过数据分析筛选出长白猪和德宝猪之间的差异表达基因,最终筛选出影响表型差异的重要基因,为今后选育更好的品种提供遗传支持。

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