临床与实验眼科学杂志
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筛选阿尔及利亚患者的RB1基因并通过计算机分析预测变异的致病性

Amina Mama Boubkeur、Lotfi Louhibi、Meriem Abdi、Fatima Zohra Moghtit、Nacera Tabet Aoul、Rym Abderrahmane、Khadija Mahmoudi、Meriem Aberkane 和 Nadhira Saidi-Mehtar

视网膜母细胞瘤是一种由视网膜母细胞瘤基因 ( RB1 ) 双等位基因失活引发的儿童视网膜肿瘤。大多数改变是唯一的并且随机分布在整个编码区域中。本研究首先旨在鉴定可能在体质水平影响RB1基因的突变，这有助于了解该疾病的分子发病机制，并有助于早期发现高危人群和无症状携带者。通过高效液相色谱 (HPLC) 检测 30 名患者 DNA 的变异，然后进行测序。其次，我们开发了一个计算机协议使用基于分析方法（Align GVGD、突变品尝、SIFT、PolyPhen、I-Mutant 和 KD4V）和结构（Swiss-Pdb Viewer）的不同软件进行分析。该方案用于预测突变对蛋白质 pRb 的有害影响。突变谱包括2个错义突变、1个无义突变、1个缺失、1个影响剪接位点的突变和2个多态性。在这些突变中，一些突变是在没有该疾病家族史的儿童的生发水平上发现的。因此，在计算机模拟中分析仅发现了三个因果突变，剪接供体位点的第一个内含子突变可能导致移码，从而产生截短的蛋白质。第二个错义突变 c.1903 G˃C 预计会影响剪接过程。位于外显子 20 的第三个突变 c.1961T>A 可能会破坏蛋白质功能和结构。
在这项研究中，计算机分析显示了突变对蛋白质结构和功能的影响。将这些结果与其他功能研究进行比较以评估突变的功能是很有趣的。