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硒麦角硫因作为β-淀粉样蛋白 (Aβ) 的潜在抑制剂：对接和分子动力学研究

Madhu Sudhana Saddala、Pradeep Kiran Jangampalli Adi、Vengala Rao Patchava 和 Usha Rani A*

阿尔茨海默病 (AD) 是一种进行性神经退行性疾病，涉及认知功能恶化和行为改变，其特征是 β 淀粉样蛋白 (Aβ) 与脂质载体蛋白载脂蛋白在大脑选定区域聚集成纤维状淀粉样斑块E (apoE)、微管相关蛋白 tau 和突触前蛋白 α-突触核蛋白。高水平的纤维 Aβ（老年斑的主要成分）沉积在 AD 大脑中，导致突触、神经元的剧烈震荡和神经元功能的破坏。Aβ 源自淀粉样前体蛋白，通过天冬氨酰蛋白酶、β-分泌酶和早老素依赖性 β-分泌酶的连续蛋白质裂解，引发一系列事件，例如氧化损伤、神经毒性、以及导致 AD 进展的炎症。因此Aβ蛋白可能成为抗阿尔茨海默病药物的靶点。从蛋白质数据库中检索Aβ蛋白，将能量最小化，并使用NAMD 2.9软件在水中使用CHARMM27力场进行分子动力学模拟。Aβ蛋白结构通过500 ps的25,000步能量最小化和2ns的假装100,000步能量最小化。选择具有淀粉样蛋白抑制作用的麦角硫因和硒麦角硫因，并从Zinc数据库中检索这些化合物的3D结构文件。然后利用PyRx Virtual Screening工具中的AutoDock Vina将这两种化合物对接至Aβ蛋白的活性位点。这两种化合物分别表现出最佳结合能，分别为-9.8和-7.9 kcal/mol。化合物与 Aβ 蛋白活性位点的结合相互作用模型表明，氨基酸残基（SER8、GLN15 和 LYS16）在药物设计中发挥着关键作用。两种化合物（其中硒麦角硫因）的预测药理特性完全在具有良好 ADME 特征的药物分子。因此，针对 Aβ 蛋白的说服性抑制剂的进展将会很有趣。