蛋白质组学与生物信息学杂志
开放获取

抽象的

基于 SILAC 的定量蛋白质组学方法来识别与新型顺式调控元件相互作用的转录因子

吴达中、鲁道夫·恩格尔克和格哈德·米特勒

称为 M8 的基序 TMTCGCGANR（M 为 C 或 A，R 为 A 或 G，N 为任何核苷酸）被发现是 368 个人类基因启动子中存在的推定顺式调控元件。其中，236 个（64%）在四种相关生物体（人类、小鼠、大鼠和狗）的启动子序列中是保守的。然而，与 M8 基序相互作用的转录因子 (TF) 尚未被描述。我们之前报道过使用定量蛋白质组学与一步 DNA 亲和纯化相结合作为筛选与给定功能 DNA 元件相关的 TF 的一种方法。该程序使用 SILAC 标记的核提取物并利用充分表征的顺式调控基序在体外进行。在此基础上，在这项研究中，我们将我们的方法与统计分析相结合，以过滤掉一步 DNA 亲和力下拉实验中的假阳性命中。这导致含锌指 BED 结构域的蛋白 1 (ZBED1)、α 球蛋白转录因子 CP2 (TFCP2)、上游结合蛋白 1 (UBP) 和转录因子 CP2 样 1 (TFCP2L1) 被鉴定为特异性 M8 相互作用因子。我们使用 ChIP（染色质免疫沉淀）测定验证了我们的筛选，证明 α 珠蛋白转录因子 TFCP2 与含有 M8 启动子的选定基因的体内结合。这不仅暗示了上述蛋白质在调节含有 M8 基序的基因中的功能作用，而且还表明我们的方法可能用于破译活细胞中发生的蛋白质-DNA 相互作用。这导致含锌指 BED 结构域的蛋白 1 (ZBED1)、α 球蛋白转录因子 CP2 (TFCP2)、上游结合蛋白 1 (UBP) 和转录因子 CP2 样 1 (TFCP2L1) 被鉴定为特异性 M8 相互作用因子。我们使用 ChIP（染色质免疫沉淀）测定验证了我们的筛选，证明 α 珠蛋白转录因子 TFCP2 与含有 M8 启动子的选定基因的体内结合。这不仅暗示了上述蛋白质在调节含有 M8 基序的基因中的功能作用，而且还表明我们的方法可能用于破译活细胞中发生的蛋白质-DNA 相互作用。这导致含锌指 BED 结构域的蛋白 1 (ZBED1)、α 球蛋白转录因子 CP2 (TFCP2)、上游结合蛋白 1 (UBP) 和转录因子 CP2 样 1 (TFCP2L1) 被鉴定为特异性 M8 相互作用因子。我们使用 ChIP（染色质免疫沉淀）测定验证了我们的筛选，证明 α 珠蛋白转录因子 TFCP2 与含有 M8 启动子的选定基因的体内结合。这不仅暗示了上述蛋白质在调节含有 M8 基序的基因中的功能作用，而且还表明我们的方法可能用于破译活细胞中发生的蛋白质-DNA 相互作用。上游结合蛋白1（UBP）和转录因子CP2样1（TFCP2L1），作为特异性M8相互作用因子。我们使用 ChIP（染色质免疫沉淀）测定验证了我们的筛选，证明 α 珠蛋白转录因子 TFCP2 与含有 M8 启动子的选定基因的体内结合。这不仅暗示了上述蛋白质在调节含有 M8 基序的基因中的功能作用，而且还表明我们的方法可能用于破译活细胞中发生的蛋白质-DNA 相互作用。上游结合蛋白1（UBP）和转录因子CP2样1（TFCP2L1），作为特异性M8相互作用因子。我们使用 ChIP（染色质免疫沉淀）测定验证了我们的筛选，证明 α 珠蛋白转录因子 TFCP2 与含有 M8 启动子的选定基因的体内结合。这不仅暗示了上述蛋白质在调节含有 M8 基序的基因中的功能作用，而且还表明我们的方法可能用于破译活细胞中发生的蛋白质-DNA 相互作用。