临床微生物学与抗菌药物杂志

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用于鉴定红酵母的新型 RNA-FISH 探针的特异性和性能评估。在文化遗产材料中

帕特里夏·布兰科

文化遗产(CH)材料(例如纸张、大理石、石灰、砂浆、羊皮纸、金属、玻璃)的生物退化长期被忽视,因为以前人们认为这只是化学和物理过程造成的。然而,在过去的几十年里,已经证明微生物的作用是变质过程中的关键因素。生物清洁微生物对具有不可估量价值的 CH 材料造成严重的美观和结构损害。其中一些可以合成类胡萝卜素化合物,导致粉红色染色,例如红酵母,这种酵母与在葡萄牙埃武拉大教堂观察到的恶化影响有关。区分红酵母..,从在 CH 材料上产生相同类型改变的其他微生物中,必须采用适当的识别方法。RNA 荧光和原位杂交 (RNA-FISH) 具有特异性识别复杂微生物群落中感兴趣的目标微生物的潜力(它基于针对核糖体 RNA 特定区域的荧光标记寡核苷酸探针的杂交)。因此,本研究的目的是设计一种针对红酵母属的新型属特异性 RNA-FISH 探针。,并通过计算机和实验评估其特异性和性能。这将有助于促进通过 RNA-FISH 鉴定降解的 CH 材料中的红酵母 (Rhodotorula sp.)。一种新颖的探针红酵母属,(LS-Rh160-aA-19-ATTO 647N、Rh160-ATTO 647N)是使用解密程序设计的。通过核苷酸BLAST在计算机上分析其特异性,通过寡核苷酸特性计算器oligocalc分析其在探针特征方面的性能,例如GC含量和发夹结构的温度,通过数学FISH程序分析杂交效率。通过构建目标和非目标酵母(阿德里隐球菌)的荧光信号响应/甲酰胺浓度曲线,并针对其他几种非目标 CH 生物消毒微生物测试探针,评估了实验性能和特异性。为此,应用了先前描述的 RNA-FISH 程序,并通过流式细胞术 (FC) 和落射荧光显微镜 (EM) 分析结果。隐球菌属 sp., ); 满足作为RNA-FISH探针的标准,例如52.60%的GC含量和发夹结构的温度低于杂交温度,并且显示出与红酵母菌的高最大理论杂交效率(0%甲酰胺时为99.92%)。实验结果与计算机分析一致,表明 Rh160-ATTO 647 N 探针具有高特异性和性能,无需甲酰胺。FC 检测到目标微生物的最大强荧光信号,以及所有测试的非目标微生物的信号缺失。因此,这项研究有助于轻松快速地鉴定红酵母属,酵母参与 RNA-FISH 的 CH 生物降解过程。这将有利于CH的保障。
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