蛋白质组学与生物信息学杂志
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抽象的

结构表位数据库 (SEDB)：基于 Web 的表位数据库、其分子间相互作用以及三级结构信息

Om Prakash Sharma、Arindam Atanu Das、Krishna R、Suresh Kumar M 和 Premendu P Mathur

表位是抗原决定簇。它是抗原的一部分，被免疫系统的特定受体识别，仅被抗体、B细胞或T细胞识别。因此，表位的详尽分子知识将对疫苗和药物设计产生重大影响。现有的表位数据库缺乏完整的表位结构信息。因此，我们开发了一个开放访问数据库来描述表位的三维结构及其与抗原和抗体的相互作用。我们从蛋白质数据库中对 619 个表位结构进行了编目并发表了研究文章。我们的数据库提供了大量 B 细胞、T 细胞和 MHC 结合蛋白。为了方便用户，这些表位已根据结构（线性表位和不连续表位）和细胞类型（B 细胞、T 细胞和 MHC 结合）。我们的数据库包含表位的专门特征，包括复杂 ID、表位序列、表位长度、表位位置、来源信息、结构测定方法、分类 ID 和抗原抗体相互作用残基。它还总结了多结构域蛋白质的结构信息，如蛋白质名称、多肽类型、分子名称、链ID、片段长度、序列长度和氨基酸序列。此外，它还提供 Gene-Ontology、MolProbity 和表位可视化工具，以便更好、清晰地了解表位构象及其与蛋白质的相互作用。用户界面与其他公共数据库（如 IEDB、UniprotKB、PDB、NCBI 和其他现有表位数据库）交叉链接，使其信息更丰富。用户友好的网页可通过 URL http: 免费获得