蛋白质组学与生物信息学杂志
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抽象的

疏水核心在蛋白质选择示例中的结构作用

Banach M、Kalinowska B、Konieczny L 和 Roterman I

本文讨论了序列/结构关系。核心问题涉及相似序列产生相似结构的程度，反之亦然。基于模糊油滴（FOD）模型，提出了相似序列可能导致不同结构的机制，其中通过分析蛋白质的疏水核心来估计结构相似性。我们发现，氨基酸序列的局部变化除了在取代位点产生局部结构改变外，还可能改变疏水核心的形状，显着影响蛋白质的整体三级构象。我们的分析集中于四组蛋白质：1) 一对具有特殊制备序列的设计蛋白；2) 一对天然蛋白质经过修饰（突变）以收敛到高水平序列同一性的点，同时保留各自的野生型三级折叠；3）一对具有共同祖先但由于发散进化而具有不同结构和生物特征的天然蛋白质；4) 一对结构高度相似但序列无相似性且生物学功能不同的天然蛋白质。