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抽象的

利用分子动力学模拟和对接研究进行G蛋白偶联受体的结构研究

马莱特·马丁内斯

G 蛋白偶联受体 (GPCR) 可能是进化良好的生物中最大的蛋白质，在将外部信号传递到内部细胞的过程中发挥着关键作用。GPCR 可以通过配体、化学物质和光以及许多其他物质来激活。GPCR 在人体令人难以置信的一系列功能中发挥着关键作用，对这些受体的广泛理解对当今的药物治疗产生了巨大影响。事实上，分析人士估计，大约一半的广告药物的作用仅限于 GPCR。顾名思义，GPCR 与血浆膜中的 G 蛋白合作。当外部标记原子与 GPCR 结合时，它会导致层蛋白的构象变化。此时，这种变化会触发 GPCR 和附近的 G 蛋白之间的通讯。这些日子，像分子元素（MD）重演这样的计算方法可以提供惊人的资产来识别由于配体限制而在层蛋白中发生的构象变化。另一方面，对接研究不仅可以预测薄膜蛋白上优质配体的喜好，还可以识别与极限循环中的亚原子确认有关的沉积物。我们的作品展示了利用 NAMD 程序 (2) 进行 GPCR 的 MD 重演的几个实例。在此循环中，我们利用了附带的功率场，用于蛋白质的 CHARMM22 和用于脂质的 CHARMM27，以及用于水颗粒的 TIP3 模型。使用显式工作者 (OPM) 将层蛋白定位在脂质双层中。初步调查是利用 Carma 程序进行的。根据这些结果，我们可以研究蛋白质的稳定性，识别最适应性沉积物的证据，以及可以与亚原子识别方法相关的沉积物。此外，我们的结果使我们能够获得一些关于针对这些重要受体的已知或新药物的计划的经验。