蛋白质组学与生物信息学杂志
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酵母蛋白质组的系统分析揭示了质谱法的肽可检测性因素

Sunhee Jung、Samuel A Danziger、Alexandre Panchaud、Priska von Haller、John D Aitchison 和 David R Goodlett

在这里，我们使用了一种数据无关的采集（DIA）方法，即独立于离子计数的前体采集（PAcIFIC），来系统地分析酿酒酵母蛋白质组。对酵母全细胞裂解物 (WCL) 进行直接 PAcIFIC 分析，重复结果的重现性达到 90%，并检测到大约 2000 种蛋白质。当与亚细胞分级分离相结合时，重现性同样高，检测到的酵母蛋白数量接近 5000。如前所述，这种无偏 DIA 方法鉴定了所谓的“孤儿”肽，这些肽只能通过串联质谱检测，因为存在没有可检测到的前体离子。使用这个独特的数据集，我们检查了与肽可检测性相关的特征，并证明孤儿更有可能由低拷贝数蛋白质产生，而不是中拷贝数或高拷贝数蛋白质。最后，对为什么一些孤儿肽也由高拷贝数蛋白质产生的调查发现，除了蛋白质拷贝数之外，还存在与孤儿肽蛋白水解切割位点侧翼区域相关的理化因素的偏差。这表明那些源自高丰度蛋白质的孤儿肽可能是蛋白酶释放效率低下的结果，这对定量自下而上的蛋白质组学具有影响 与孤儿肽蛋白水解切割位点侧翼区域相关的理化因素存在偏差。这表明那些源自高丰度蛋白质的孤儿肽可能是蛋白酶释放效率低下的结果，这对定量自下而上的蛋白质组学具有影响 与孤儿肽蛋白水解切割位点侧翼区域相关的理化因素存在偏差。这表明那些源自高丰度蛋白质的孤儿肽可能是蛋白酶释放效率低下的结果，这对定量自下而上的蛋白质组学具有影响