免疫组学研究
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TAP Hunter：基于 SVM 的系统，用于使用氨基酸序列的局部描述来预测 TAP 配体

子孝琳、间冢浩、任伊志、汤祖传

背景：与抗原加工（TAP）相关的转运蛋白的选择性肽转运代表了可能调节抗原肽向 HLA I 类分子呈递的主要候选机制之一。由于 TAP 结合偏好可能会显着影响 T 细胞表位选择，因此人们对应用计算技术系统地发现这些元素非常感兴趣。

结果：我们描述了 TAP Hunter，一个基于网络的计算系统，用于预测 TAP 结合肽。一种基于 TAP 肽片段和成分效应表示的新颖编码方案，允许使用 SVM 作为预测引擎来识别可变长度的 TAP 配体。该系统使用 613 个经过实验验证的肽序列进行了严格的训练和测试。结果表明，系统具有良好的预测能力，受试者工作特征曲线下面积（AROC）≥0.88。此外，TAP Hunter 与几个现有的公开可用的 TAP 预测器进行了比较，并显示出优越或相当的性能。

结论： TAP Hunter 为预测与 TAP 转运蛋白结合的可变长度肽提供了一个可靠的平台。为了方便科学界使用 TAP Hunter，我们开发了一个简单、灵活且用户友好的网络服务器，并可在 http://datam.i2r.a-star.edu.sg/taphunter/ 免费获取