蛋白质组学与生物信息学杂志
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抽象的

基于 SCX 的靶向肽分级分离，通过碰撞诱导和电子转移解离实现最佳测序

Henk WP van den Toorn、Shabaz Mohammed、Joost W. Gouw、Bas van Breukelen 和 Albert JR Heck

肽离子的电子转移解离 (ETD) 已被引入作为基于质谱的肽测序工具，与常用的碰撞诱导解离 (CID) 互补。有人提出，对于更高电荷和/或更大的肽，ETD 可能比 CID 具有更好的性能。在这里，我们比较了 ETD 和 CID 在大规模蛋白质组学实验中生成的数据上的性能。首先，使用强阳离子交换色谱 (SCX) 根据其溶液中的净电荷状态离线分离果蝇卵母细胞的胰蛋白酶解肽，然后结合离子阱质谱仪进行在线反相 (RP) 液相色谱分离具有 ETD 功能。质谱仪_选定的 MS 峰同时受到 ETD 和 CID 的影响，从而可以进行公平的比较。CID 专门鉴定了大约 2300 种肽，ETD 专门鉴定了 3000 多种肽，其中 ETD 和 CID 共同鉴定了大约 1400 种肽。总共鉴定了近 7,000 种肽，其 Mascot 肽截止分数非常保守，为 60，这清楚地验证了 ETD 和 CID 是互补技术。在早期的 SCX 级分中，含有“低”净电荷的肽，超过 90% 的肽可以通过 CID 成功识别，而在后期的 SCX 级分中，超过 90% 的已识别肽可以通过使用 CID 成功识别。仅 ETD。所选择的策略结合了 SCX 和 RP-LC-MS/MS，允许用户就是否最佳使用 CID 和/或 ETD 做出有针对性的决定。