生物化学与药理学：开放获取
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抽象的

（能量最小化）优化方法的混合思想应用于研究以 beta2-alpha2 环为重点的朊病毒蛋白结构

张家普

在分子力学中，当前生成的势能函数在准确性和有效性之间提供了相当好的折衷。本文首先回顾了几种最常用的经典势能函数及其用于能量最小化的优化方法。为了最小化势能函数，大约 95% 的努力都花在了范德华相互作用的 Lennard-Jones 势上；我们还详细回顾了剑桥集群数据库中一些有效的计算优化方法来解决 Lennard-Jones 集群问题。从评论中，我们发现优化方法的混合思想对于解决势能最小化问题和Lennard-Jones簇问题是有效的、必要的和高效的。然后通过混合想法完成了对朊病毒蛋白结构的应用。我们关注朊病毒蛋白结构的β2-α2环，我们发现（i）具有清晰且高度有序的β2-α2环的物种通常在该环中拥有310螺旋，（ii）“π-环” Y128–F175–Y218–Y163–F175–Y169–R164–Y128(–Y162) 围绕 β2-α2 环。