蛋白质组学与生物信息学杂志
开放获取

抽象的

(Prote)Omic 研究中的软件景观

迈克尔·克拉普曼、马可·鲁特哈特、弗兰克·莱斯克和托马斯·莱策尔

（生物）信息学在（蛋白质）组学研究实验和应用中发挥着重要作用。如果没有用于分析由此产生的巨大数据集的软件解决方案，就不可能对整个蛋白质组进行分析，包括蛋白质鉴定、蛋白质定量、检测生物途径、代谢物鉴定等。在过去的十年中，分析硬件供应商以及免费软件开发人员和开源软件社区开发了许多软件工具、平台和数据库。其中一些软件包非常专门针对一个（组学）主题，例如基因组学、蛋白质组学、相互作用组学或代谢组学。可以以更通用的方式应用其他软件工具和平台，例如用于生成工作流程、或执行数据转换和数据管理、或统计。

本综述重点关注以下问题：生物学、分析和（生物）信息学之间的联系有多复杂，以及用于科学研究（从微生物到蛋白质组检测）的各种软件工具有多复杂。因此，主要重点是 (LC) MS(/MS) 蛋白质组学软件的多样性。在像 ExPASy 这样的万维网站上，显示了大量的蛋白质组学软件列表，让用户自行确定哪些软件真正满足其目的。

首先，我们考虑蛋白质组学研究领域软件的巨大可变性。然后我们仔细研究 MS 数据的可变性以及软件工具与此相关的不兼容性。我们概述了常用的软件技术，最后提出一个问题：开源软件是否不会为该领域增加更多价值。