抗病毒与抗逆转录病毒杂志
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抽象的

探讨HIV-1 V3环保守GPGR片段的构象适应性

苏达·斯里瓦斯塔瓦和米娜·坎亚尔卡

为了设计有效的 HIV 疫苗，研究主中和决定簇 (PND) 肽（gp120 的高变区）的序列多样性和构象之间的关系非常重要。gp120 的两个片段 318-327 和 315-329 被定位为 PND，并且可以诱导 HIV-1 特异性细胞毒性淋巴细胞活性，从而杀死病毒感染的细胞。因此，从 gp120-V3 环中设计更有序且生物学相关的免疫原性区域构象可能有助于设计用于 HIV-1 疫苗开发的更有效的免疫原。为了启发最佳结构偏好，我们探索了来自 gp120 V3 环的两个片段的构象适应性，其中包含主要涵盖冠区的 GPGR 序​​列。核磁共振 (NMR) 光谱和分子动力学 (MD) 模拟已用于绘制水和六氟丙酮 (HFA) 等不同溶剂体系中的构象。在 HFA 中，较大的片段 315-329 显示出一定程度的二级结构形成倾向。这表明片段的长度对于获得二级结构至关重要，这可能是导致 V3 环高度可变状态的原因。然而，在水中，这两个片段均未表现出任何特定的构象偏好。这表明片段的长度对于获得二级结构至关重要，这可能是导致 V3 环高度可变状态的原因。然而，在水中，这两个片段均未表现出任何特定的构象偏好。这表明片段的长度对于获得二级结构至关重要，这可能是导致 V3 环高度可变状态的原因。然而，在水中，这两个片段均未表现出任何特定的构象偏好。