免疫组学研究
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RNASeq 阐明的 Mart-1(27-35) 表位特异性 TCReng 人 CD8+ 和 CD4+ T 细胞在表位相遇时的转录谱

Prashant Singh、Nitya G Chakraborty、Sidharth S Jha、Umar Farooq、Mei Xiao、Veneta Qendro、Arvind Chhabra、Richard Everson、David I Dorsky、Upendra P Hegde 和 Bijay Mukherji

过继细胞疗法 (ACT) 使用体外扩增的 T 细胞群进行改造，表达肿瘤表位特异性 T 细胞受体 (TCR)，目前正在进行针对各种恶性肿瘤的临床试验。在这种情况下，使用黑色素瘤表位 Mart-1(27-35)（特定 TCR 工程化 T 细胞）的 ACT 在转移性黑色素瘤中显示出令人鼓舞的结果。然而，许多调节 T 细胞功能的生物过程已被证明是这种形式的癌症治疗的障碍。因此，我们正在努力更全面地了解 TCR 工程 (TCReng) T 细胞的生物学（功能和限制），以便从 ACT 中获得更强大的治疗效果。然而，传统的基于 T 细胞的检测方法在某种程度上不足以实现这一目的。使用下一代 RNASeq (NGS) 和 qRT-PCR 检测，我们检查了黑色素瘤表位 Mart-1(27-35)（特定 TCReng 人类 T 细胞）的转录组。我们发现，当暴露于同源肽时，特定 TCReng T 细胞 Mart-1(27-35)（CD8+ 和 CD4+）的转录谱非常相似。负责 T 细胞激活、凋亡、细胞增殖、溶细胞反应和 T 细胞分化的基因表现出相似的表达模式。此外，我们的分析还揭示了许多与以前与 T 细胞激活无关的免疫反应相关的替代剪接变体和新亚型，以及许多最近发现的长非编码 RNA (lncRNA) 的表达。当暴露于同源肽时，特异性 TCReng T 细胞（CD8+ 和 CD4+）非常相似。负责 T 细胞激活、凋亡、细胞增殖、溶细胞反应和 T 细胞分化的基因表现出相似的表达模式。此外，我们的分析还揭示了许多与以前与 T 细胞激活无关的免疫反应相关的替代剪接变体和新亚型，以及许多最近发现的长非编码 RNA (lncRNA) 的表达。当暴露于同源肽时，特异性 TCReng T 细胞（CD8+ 和 CD4+）非常相似。负责 T 细胞激活、凋亡、细胞增殖、溶细胞反应和 T 细胞分化的基因表现出相似的表达模式。此外，我们的分析还揭示了许多与以前与 T 细胞激活无关的免疫反应相关的替代剪接变体和新亚型，以及许多最近发现的长非编码 RNA (lncRNA) 的表达。