免疫组学研究
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抽象的

利用轮状病毒特异性人单克隆抗体的自然进化来预测病毒抗原位点的复杂拓扑

布雷特·A·麦金尼、妮可·L·卡勒瓦德、小詹姆斯·E·克罗和詹斯·梅勒

背景：由于缺乏实验解决的复合物，在原子分辨率上理解病毒蛋白和中和抗体之间的相互作用受到阻碍。计算对接的进展导致了抗体-抗原复合物模型的预测质量越来越高。当与实验信息和专家知识相结合时，原子级对接预测的准确性得到提高。方法：使用与轮状病毒特异性成人抗体（RV6-26）体细胞突变相关的结合亲和力数据来过滤抗体同源模型相对于轮状病毒VP6晶体结构的潜在对接方向。该抗体结构用于探测 VP6 三聚体的候选界面残基。结果：提出了三个构象表位。这些表位是VP6定点诱变的候选抗原区域，这将有助于进一步阐明抗原功能。提出了与当前实验信息一致的伪原子分辨率RV6-26抗体-VP6复合物。结论：在对接计算中使用诱变约束可以识别抗原-抗体界面的少量替代排列。来自中和抗体自然进化的诱变信息可用于区分残基规模模型并为原子分辨率对接创建距离约束。结合亲和力数据或其他信息与计算的整合可能是辅助肽工程或治疗性抗体设计的有利方法。这将有助于进一步阐明抗原功能。提出了与当前实验信息一致的伪原子分辨率RV6-26抗体-VP6复合物。结论：在对接计算中使用诱变约束可以识别抗原-抗体界面的少量替代排列。来自中和抗体自然进化的诱变信息可用于区分残基规模模型并为原子分辨率对接创建距离约束。结合亲和力数据或其他信息与计算的整合可能是辅助肽工程或治疗性抗体设计的有利方法。这将有助于进一步阐明抗原功能。提出了与当前实验信息一致的伪原子分辨率RV6-26抗体-VP6复合物。结论：在对接计算中使用诱变约束可以识别抗原-抗体界面的少量替代排列。来自中和抗体自然进化的诱变信息可用于区分残基规模模型并为原子分辨率对接创建距离约束。结合亲和力数据或其他信息与计算的整合可能是辅助肽工程或治疗性抗体设计的有利方法。提出了与当前实验信息一致的伪原子分辨率RV6-26抗体-VP6复合物。结论：在对接计算中使用诱变约束可以识别抗原-抗体界面的少量替代排列。来自中和抗体自然进化的诱变信息可用于区分残基规模模型并为原子分辨率对接创建距离约束。结合亲和力数据或其他信息与计算的整合可能是辅助肽工程或治疗性抗体设计的有利方法。提出了与当前实验信息一致的伪原子分辨率RV6-26抗体-VP6复合物。结论：在对接计算中使用诱变约束可以识别抗原-抗体界面的少量替代排列。来自中和抗体自然进化的诱变信息可用于区分残基规模模型并为原子分辨率对接创建距离约束。结合亲和力数据或其他信息与计算的整合可能是辅助肽工程或治疗性抗体设计的有利方法。在对接计算中使用诱变约束可以识别抗原-抗体界面的少量替代排列。来自中和抗体自然进化的诱变信息可用于区分残基规模模型并为原子分辨率对接创建距离约束。结合亲和力数据或其他信息与计算的整合可能是辅助肽工程或治疗性抗体设计的有利方法。在对接计算中使用诱变约束可以识别抗原-抗体界面的少量替代排列。来自中和抗体自然进化的诱变信息可用于区分残基规模模型并为原子分辨率对接创建距离约束。结合亲和力数据或其他信息与计算的整合可能是辅助肽工程或治疗性抗体设计的有利方法。