蛋白质组学与生物信息学杂志
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抽象的

基于主链扭转角的蛋白质结构比对方法的有效性

Sunghoon Jung、Se-Eun Bae 和 Hyeon S. Son

先前的研究注意到，3D 骨干结构可以用 1D ？和 ？二面角阵列。然而，骨干二面角对齐的性能没有得到足够大的测试集的支持以进行量化；即仅分析了2对或4对蛋白质。在这里，我们表明，使用 ? 字符串可以更有效地准确预测 62 种不同蛋白酶的 1891 对蛋白质之间的同源性。和 ？二面角阵列比著名的3D结构对准工具TM-align。在蛋白质结构之间进行无间隙全局比对，以验证利用主链扭转角串进行结构比对的有效性。通过 1D 扭转角串表示 3D 结构，允许局部对齐、轮廓构造、隐马尔可夫模型只需稍加修改即可实现，与序列对齐相比几乎没有速度损失。通过我们对之前研究的进一步验证，骨干二面角方法的实用性可能更加明显。