蛋白质组学与生物信息学杂志
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无标记 LC-MS/MS 鉴定人脑脊液中生物标志物的疏水性、亲脂性和免疫耗竭预分级方法的比较

西尔万·莱曼、杰罗姆·维亚拉雷、马夏尔·塞维诺、洛朗·蒂尔斯、奥黛丽·加贝尔和克里斯托夫·赫茨

背景：人脑脊液（CSF）的蛋白质组学分析是识别神经系统疾病新型生物标志物的主要工具。然而，CSF 的复杂性和宽动态范围对检测特定的低丰度生物标志物构成了重大挑战。克服这个问题的一种方法是依靠不同的预分离技术。然而，最相关的技术仍有待确定。

方法：本研究比较了三种不同的众所周知的预分级方法：主要蛋白质的免疫耗竭 (Seppro® IgY14)、疏水性固相萃取 (Oasis® HLB) 和亲脂性吸附剂浓缩 (Liposorb™)。用胰蛋白酶消化未分级和预分级的 CSF，并使用 OrbitrapTM 质谱仪通过 RP-LC-MS/MS 进行分析。我们记录了检测到的肽的数量和识别的蛋白质组。重复实验以尽量减少分析前和分析的变异性。

结果：与未分级的 CSF 相比，OASIS® HLB 分级的 CSF 方法显示出的蛋白质总数显着增加了 28%，而 Liposorb™ 捕获则显着减少了 46%。有趣的是，基于检测到的肽数量的结果是不同的。我们还评估了这些预分离方法检测不同蛋白质的分子量、等电泳点 (IEP) 或性质的能力。与未分级的 CSF 和/或其他方法相比，这些预分级方法中的每一种都鉴定了特定的蛋白质子集。这对于亲脂性吸附剂尤其明显，它可以检测许多脂蛋白。

结论：尽管基质很复杂，但对消化的脑脊液的直接分析仍可鉴定出几种蛋白质。正如预期的那样，可包含在简单且经济高效的工作流程中的单一预分级方法在鉴定的蛋白质数量或范围方面产生了显着差异。这表明单一预分级方法无法涵盖复杂样品中存在的全部蛋白质种类。