蛋白质组学与生物信息学杂志
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6-磷酸葡萄糖异构酶的计算机表位作图：类风湿关节炎自身抗原

Opuni KFM、Solomon S、Metzen F、Frommholz D、Koy C、Röwer C、Glocker MO、Illges H 和 Anderson PC

通过同时施用两种单克隆抗体 11H3 和 46H9，可以在首次实验的 K/BxN 小鼠中实验性地引发类风湿关节炎样症状。这两种抗体都能特异性识别葡萄糖-6-磷酸异构酶 (GPI)，这是 RA 患者中已知的自身抗原。通过翻译各自的杂交瘤DNA序列来确定抗体Fv部分的氨基酸序列，并用于互补位区域的三维结构建模。Fv抗体结构模型与同二聚鼠GPI以及同二聚人GPI的X射线结构的计算机对接预测11H3抗体的鼠表位包含部分氨基酸序列QRVRSGDWKGYTGKS (aa134-148)和AAKDPSAVAK （aa232-241），生成组装（构象）表位。人 GPI 上的 11H3 表位包含匹配的部分氨基酸序列 QRVRSGDWKGYTGKT (aa134-148) 和 AAKDPSAVAK (aa232-241)。确定46H9抗体的表位分别由部分鼠GPI氨基酸序列RKELQAAGKSPEDLEK(aa446-461)和人GPI氨基酸序列RKELQAAGKSPEDLER(aa446-461)组成，类似于连续(线性)表位。使用合成表位肽通过质谱表位作图来验证预测的表位。肽 QRVRSGDWKGYTGKS[GSMSGS] AAKDPSAAK 在表位序列之间包含一个小的间隔序列，模拟 11H3 抗体的组装表位。肽 RKELQAAGKSPEDLEK 代表 46H9 抗体的连续表位。