细胞与发育生物学
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利用 SILAC 蛋白质组学鉴定成肌细胞分化过程中调节的去甲基化酶中的新型短线性基序

Dimitra Tsakona、Panagiota A. Galliou 和 Nikolaos A. Papanikolaou

蛋白质上赖氨酸和精氨酸的甲基化和去甲基化在数量上是一种广泛且在功能上重要的翻译后修饰，但在功能系统水平上缺乏信息。使用SILAC蛋白质组学和高分辨率质谱分析，我们鉴定了八种去甲基化酶和两种甲基化酶蛋白，它们的水平在小鼠成肌细胞到肌细胞模型的肌原分化过程中受到调节。使用通用甲基化抑制剂腺苷二醛（AdOX），我们确定甲基化是分化所必需的。全蛋白质组分析显示，4600个蛋白质中有1134个存在差异表达，其中488个上调，646个下调。其中，两种是甲基化酶，八种是去甲基化酶。尤其，八种酶中的五种使组蛋白 3 (H3K9) 上的赖氨酸 9 去甲基化，而两种酶也使 H3K4 去甲基化。最后，我们在去甲基化酶中鉴定出了富含分化的短线性基序（SliM）。我们简要讨论了我们的发现在发育/表观基因组框架内的重要性。