蛋白质组学与生物信息学杂志
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基于基序研究和系统发育分析推断印度及国外百合无症状卡拉病毒外壳蛋白进化

Suhasini Huddone、Satya Vrat Bhardwaj、Rameshwar Singh Rattan、Kamlesh Kanwar、Gaurav Zinta 和 Anil Handa

百合无症状卡拉病毒（LSV）是世界上最常见的百合感染病毒，其基因组中包含6个开放阅读框（ORF），其中代表外壳蛋白（CP）的ORF5是变异最大的区域，在此用于推断系统发育病毒的。以该地区存在的一种LSV分离株LSVisolate-Oh（登录号AJ748277）的CP基因作为测试序列。测试序列与ClustalW的多重序列比对显示核苷酸和氨基酸同源性高达17-98%与来自印度和国外的其他 78 个卡拉病毒序列分别为 1-98%。在多重序列比对中寻找了卡拉病毒的一个保守核苷酸基序 AATAAA（多聚腺苷酸化信号基序），但在所研究的任何 LSV 分离株中均未发现该基序。更远，通过邻接算法的 DNADIST 方法对核苷酸序列进行系统发育分析，将测试 LSV 分离株与其来自印度的本地 LSV 分离株最接近，并且 LSV 分离株来自中国的云南和兰州。可以解释为，在核苷酸水平上的百合无症状卡拉病毒中，进化正在以更快的速度发生。此外，该病毒与来自印度的本地 LSV 分离株和来自中国的 LSV 分离株具有最近的共同祖先 (MRCA)，这可能表明其起源于这两个国家。这项研究提供了有关病毒传播的重要线索，据我们所知，这是首次在核苷酸水平上对 LSV 外壳蛋白基因进行详细研究。