蛋白质组学与生物信息学杂志
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使用 Jurkat T 淋巴细胞悬浮培养哺乳动物细胞的液相色谱-质谱代谢和脂质组学样品制备工作流程

Candice Z Ulmer、Richard A Yost、Jing Chen、Clayton E Mathews 和 Timothy J Garrett

代谢组学是对与有机体或生物系统有关的新陈代谢的综合研究。脂质组学是代谢组学的一个子学科，涵盖细胞脂质功能的研究：包括途径、网络和相互作用。丰富的代谢物和脂质及其对健康和疾病的贡献使代谢组学成为生物标志物研究的宝贵工具。疾病生物标志物鉴定需要可重复、灵敏且准确的分析平台。尽管转录组学和蛋白质组学领域已经制定了完善的样品制备和数据处理方案，但代谢组学领域仍在制定类似的标准化惯例。此外，在少数已应用于哺乳动物细胞培养的比较 LC-MS 代谢组学研究中，大多数针对贴壁细胞系。这项工作的目的是优化样品制备工作流程，以使用市售的 Jurkat T 淋巴细胞作为模型系统对悬浮培养的哺乳动物细胞进行细胞代谢组学分析。当前的研究评估了常用样品制备技术的再现性、准确性以及对非靶向生物标志物发现的适用性。结果表明，氨化细胞冲洗溶液是去除培养基中存在的细胞外成分的有效方法，不会引起离子抑制或影响细胞膜的完整性。此外，还设计了一种新颖的工作流程，可以对来自单细胞沉淀的哺乳动物悬浮细胞的代谢物和脂质进行组合分析。Folch 脂质提取方案与 80% MeOH 代谢物分离相结合，以确保磷脂和三酰甘油酯的高提取效率。虽然工作流程是针对悬浮细胞定制的，但它也可以应用于贴壁细胞系。