蛋白质组学与生物信息学杂志
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青鳉蛋白质组研究：利用跨物种匹配和表达序列标签数据进行蛋白质鉴定

Mehoud Karim、Praseuth Danièle、Marie Arul、Puiseux-Dao Simone 和 Edery Marc

蛋白质组学旨在通过对表达蛋白质的大规模研究来了解活细胞的基因功能和分子过程。尽管蛋白质组学方法主要应用于啮齿类动物等实验模型，但青鳉鱼（Oryzias latipes）等其他动物模型也引起了蛋白质组学领域的极大兴趣。青鳉是生殖或发育生物学中研究最多的动物模型之一。尽管其基因组已被测序，但数据库中只有少数蛋白质可用。我们提出了一个实验中使用的程序作为蛋白质鉴定的模型，在这种情况下，来自经肝毒性蓝藻毒素（微囊藻毒素）处理的青鳉肝脏。由于 O. latipes 未在吉祥物搜索引擎中列出，因此对密切相关的物种进行了蛋白质鉴定（由于经过处理而进行了修改而选择）。首先，使用肽质量指纹图谱 (PMF) 分析 15 个点。然而，使用吉祥物引擎无法可靠地识别它们。序列覆盖率低的原因是研究结果取决于从 NCBInr 获得的蛋白质数据库的完整性以及跨物种蛋白质鉴定的可用性。为了提高辨识度，PMF 搜索与青鳉核苷酸特定数据库中的搜索相结合，并通过 MS/MS 离子搜索进行确认，显示成功。该识别程序已成功应用于青鳉模型的不同实验中。