免疫遗传学:开放获取

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抽象的

恒河猴外显子组序列的 MHC 基因分型

约翰·R·卡斯基、罗杰·W·怀斯曼、朱莉·A·卡尔、大卫·A·贝克、泰勒·李、罗伯特·J·马多克斯、穆图斯瓦米·拉文德兰、R·艾伦·哈里斯、胡建宏、唐娜·M·穆兹尼、杰弗里·罗杰斯和大卫·H·奥康纳

印度恒河猴主要组织相容性复合体 (MHC) 变异可能影响移植和传染病研究的结果。通常,会对恒河猴进行 MHC 基因分型,以识别可能导致意外结果的变异。由于 MHC 只是基因组中变异可能影响实验结果的一个区域,因此同时分析猕猴 MHC 和蛋白质编码基因组其余部分变异的策略将是有用的。在这里,我们使用富含 MHC 序列的目标捕获探针来确定 MHC I 类和 II 类基因型,我们将这种方法称为猕猴外显子组序列 (MES) 基因分型。对于 27 只印度恒河猴来说,我们描述了从 MES 数据获取 MHC 基因型的两种方法,并证明用这些方法获得的 MHC I 类和 II 类基因分型结果分别与预期 MHC 基因型的一致性为 98.1% 和 98.7%。相比之下,通过短多重 PCR 扩增子深度测序获得的传统 MHC 基因分型结果与该队列的预期只有 92.6% 的一致性。

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