蛋白质组学与生物信息学杂志
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MicroRNA 和内皮蛋白之间的辐射诱导串扰：计算机分析

Arundhthi Sriharshan、Anne Kraemer、Michael J Atkinson、Simone Moertl 和 Soile Tapio

电离辐射会对暴露的细胞造成不同程度的损伤。最初的损伤和由此产生的细胞对损伤的反应涉及 DNA 损伤反应识别信号和修复途径的调节因子之间的复杂串扰。需要进行系统级研究才能更深入地了解这些途径。在本研究中，我们使用 Ingenuity Pathway Analysis 工具，使用计算机方法连接辐射暴露后改变的蛋白质组和 miRNAome 网络，并通过在 microrna.org、mirDB、mirwalk、miRBase 和 Targetscan 中手动搜索来进一步验证种子序列匹配。数据库。内皮细胞被用作模型系统，因为内皮细胞是电离辐射损伤的主要细胞系统之一。相互作用分析表明，miRNA 水平的变化发生在辐射后不久（4 小时和 12 小时），因此通常先于蛋白质组的变化，而蛋白质组的变化大多发生在稍后（24 小时）。这两个网络紧密相连，强调了 miRNA 在蛋白质表达中的调节作用。除了氧化应激和线粒体功能障碍等已明确描述的初始辐射反应途径之外，内皮反应还涉及 Rho 信号传导（Rho 家族 GTPases、Rho GDI 和 RhoA 信号传导）等其他途径。总之，这里介绍的计算机分析是识别辐射目标和生物标志物以进行进一步验证的宝贵工具。此外，它可用于任何感兴趣的细胞或组织模型。