园艺学杂志
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使用 RNA-Seq 对大白菜（Brassica rapa Ssp. Pekinensis）花瓣进行转录组分析

刘畅、刘志勇、叶雪玲、王以恒、孟谦、冯辉

花是开花植物中最复杂和最具吸引力的器官，在被子植物的繁殖过程中发挥着重要作用。在这项研究中，我们采用新一代高通量测序 (RNA-Seq) 来深入了解与大白菜 ( Brassica rapa)花瓣发育相关的广泛转录事件亚种。北京人）。我们从四叶期的营养体和盛开的花瓣中分离出了 RNA 序列。将序列与参考基因组进行比对并进行分析，以测量基因表达水平并检测差异表达基因 (DEG)。总共获得了11,079个DEG，其中花瓣样品中3,900个DEG上调，7,179个DEG下调。1,595 个特异性表达基因 (SEG)；303 个 SEG 上调，1,292 个 SEG 下调。进一步使用基因本体（GO）分析来识别DEG的主要生物学功能。随后，利用KEGG富集分析，我们发现DEGs涉及125条通路。最后，使用定量实时PCR（qRT-PCR）根据测序数据验证部分DEG的表达模式。重要的，所有部分已知的基因（在花瓣中特异性表达）都反映在获得的 DEG 中，包括：PISTILLATA、APETALA3、SEPALLATA2、SEPALLATA1。此外，我们发现多个基因具有高水平的表达差异，但其功能尚不清楚。对差异表达基因组的进一步功能分析将有助于我们阐明花瓣发育的机制，并可能在分子水平上显着促进育种实践。