蛋白质组学与生物信息学杂志
开放获取

抽象的

炎症性肠病基因表达数据集中生物标志物的验证：IL13RA2、PTGS2 和 WNT5A 作为英夫利昔单抗治疗反应性的预测因子

András Gyorffy、Máté Kormos、Luca Bartha、András Szabó、Balázs Gyorffy、Jan Budczies 和 Barna Vásárhelyi

背景：一些炎症性肠病（IBD）患者对英夫利昔单抗（IFX）治疗没有反应。基因表达研究揭示了可能有助于预测无反应 IBD 患者的基因。我们的目的是验证已发表基因的区分能力。

方法：从 GEO 数据库（“转录组臂”）下载对 IFX 有反应或无反应的 IBD 患者的微阵列数据集。PubMed（“生物标记臂”）中鉴定了已发表的区分有反应和无反应患者的基因。使用 ROC 分析，在“转录组臂”的每个数据集中重新测试“生物标记臂”中基因的辨别性能。我们还对结肠活检数据集进行了独立分析，以识别新的区分基因。

结果：四个 GEO 数据集（分别来自结肠活检和血细胞的 3 个和 1 个）的转录组包括 99 名患者（其中，分别有 59 名和 40 名是 IFX 应答者和无应答者）。在活检标本中报告的 65 个候选基因中，有 25 个基因在三个活检数据集中始终显着区分英夫利昔单抗应答者和无应答者（p<0.05）。在外周血中报告的 39 个候选基因中，有 9 个基因在重新测试后提供了显着的区分度。对三个活检数据集的独立分析确定了前五个基因。在每次分析中，三个基因（IL13RA2、PTGS2 和 WNT5A）是高效的鉴别器。

结论：该分析确定 IBD 患者结肠组织中的三个基因 IL13RA2、PTGS2 和 WNT5A 适合区分对 IFX 治疗有反应和无反应的患者。这些基因编码与肠道病理有关的蛋白质；无反应患者中的高表达可能表明 IBD 治疗的重要靶点。