病毒学与真菌学
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哈萨克斯坦野生鸟类中禽正鸟病毒 1（新城疫病毒基因型 VIg 或新基因型 XXI.）的全基因组

Vitaliy Strochkov、Yerbol Burashev、Nurlan Sandybayev、谢刚、Tracy H. Erkkila、Helen Cui、Jeanne M. Fair

背景：新城疫病毒 (NDV) 具有显着的多样性和流动性，其中包括 VI 型强毒病毒。这些病毒通常被称为鸽子副粘病毒 1，因为它们通常是分离的，并会在鸽科鸟类中引起临床疾病。基因VI型病毒偶尔会感染家禽，也可能引起家禽临床疾病。因此，NDV 的进化、当前传播和检测与禽类健康相关。

方法：对三个哈萨克斯坦分离株进行了核苷酸测序和系统发育研究，以表征完整的融合（F）蛋白基因以及全基因组序列。将序列数据与代表不同NDV基因型和亚基因型的106个融合基因以及来自世界不同地区、不同时间段的VI类NDV毒株的225个融合基因和37个全基因组进行比较。构建系统发育树以确定这些菌株之间的进化关系。我们分析了融合（F）蛋白基因和全基因组序列，包括切割位点。

结果：3株分离株全基因组长度分别为15142bp、15085bp和15102bp，与新城疫病毒VIg基因型相似，基因顺序为3'-NP-PMF-HN-L-5' 。融合蛋白的切割位点是 112KRQKR116-F117，这一特征通常与新城疫病毒毒株相关。基于基因组序列、SNP 和融合基因序列的系统发育分析表明，三个分离株应归类为 II 类基因型 VIg NDV。系统发育分析表明，来自哈萨克斯坦不同地点的NDV在遗传上高度相似，并且与VIg基因型的NDV聚集在一起。根据我们的数据分析，VIg 分离株与 VIg 亚基因型的俄罗斯和乌克兰分离株具有最高的序列同一性，

结论：我们的研究提供了哈萨克斯坦流行的新城疫病毒遗传特征的基线信息，我们提出，强毒力新城疫病毒的进化和流行病学研究有助于提供有关该地区流行的变种的准确分子数据，从而有助于设计更有效的新城疫病毒。重组疫苗。