蛋白质组学与生物信息学杂志
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通过维生素 B6 和维生素 C对天冬酰胺和赖氨酸残基进行化学修饰来实现 COVID-19 尖峰糖蛋白失活的生物信息学方法

霍马·托拉比扎德*

为了侵入人体细胞，COVID-19 使用其刺突糖蛋白作为主要表面蛋白。这种糖蛋白可以通过维生素 B6（5'-磷酸吡哆醛，PLP）和维生素 C（抗坏血酸）对表面可及的天冬酰胺和赖氨酸残基进行化学修饰而失活。这种可逆反应导致希夫碱（醛亚胺）的形成，随后被抗坏血酸还原，形成稳定的磷酸吡啶氧基-赖氨酰或天冬酰共价键。为此，首先，使用位于 ExPASy 服务器上的 UniProtKB 指定具有 100% 同一性的相似蛋白质中的刺突糖蛋白序列。所有这些蛋白质的长度分别为 1,255，质量 (Da) 为 139,125。然后，GetArea 软件通过使用 PDB 网站上保留的 PDB 文件来确定每个序列的可访问表面积。结果显示，81 种中的 51 种（天冬酰胺）和 48 种中的 22 种（赖氨酸）可进行 PLP 反应。因此，末端氨基（NH₂）天冬酰胺和赖氨酸与PLP反应产生席夫碱键，然后通过抗坏血酸还原转化为强共价键。这样，可以防止附着和融合过程。这可能是疫苗和药物制备的一种途径。