蛋白质组学与生物信息学杂志
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抽象的

探索基于犬尿氨酸途径代谢物的小型异双功能交联剂的多维方法

Sujeet Kumar Thakur、Mitul Srivastava、Ankur Kumar、Renu Goel、Shailendra Asthana 和 Sambasivan Venkat Eswaran

这项研究描述了使用新型小型异双功能交联剂来交联蛋白质（例如溶菌酶）。该交联剂基于 3-羟基邻氨基苯甲酸 (3HAA)，它是色氨酸降解的犬尿氨酸途径的一部分。在人体疾病状态下，3HAA 的含量会增加。小交联剂可以更好地捕获相互作用的蛋白质界面，而较大的交联剂对于识别相互作用的伙伴更有用。这里描述的新型交联剂可能通过“长寿命”瞬态发挥作用，从而提高分子间交联的速率，而这是其他方式难以实现的。它含有光不稳定的叠氮基和胺反应性 N-羟基琥珀酰亚胺 (NHS) 基团。分两步成功交联（孵育后进行光解（366 nm，6W 紫外灯），已通过 SDS-PAGE、ESI-MS/MS 和通过 StavroX 3.6.0.1 对接的生物信息学分析以及分子动力学模拟研究得到证实，为溶菌酶“二聚体”形成提供了详细的结构见解。使用两种不同的软件获得了相同的结论，并提供了蛋白质-蛋白质相互作用过程中界面的更精细的 3D 视图。