蛋白质组学与生物信息学杂志
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使用数据挖掘对西葫芦黄花叶病毒 (ZYMV) 部分外壳蛋白基因序列的印度分离株进行比较基因组和蛋白质组系统发育分析

Neha Sharma、Satya Vrat Bhardwaj、Anju Sharma、Manica Tomar、Rajinder Kaur、Pritam Dass Thakur 和 Anil Handa

在西葫芦 ( Cucurbita pepo L.) 位于喜马拉雅山西北部地区的喜马偕尔邦山区的植物，表现出花叶、黄化、叶子串鞋、植物发育迟缓等症状，并且在作物早期感染可能导致产量减少高达 94%。适销对路的西瓜果实。在本研究中，基于 ELISA、RT-PCR 和系统发育学对致病病毒进行了鉴定和表征。部分CP基因被扩增并测序。为了进行系统发育研究，从 NCBI 检索了属于不同国家的 ZYMV 的 67 个核苷酸和 67 个多蛋白序列。通过 phylip 3 实现了基于每个国家的核苷酸和蛋白质序列的系统发育分析，使用最大似然法 (ML)、邻接法 (NJ)、最大简约法 (MP) 和未加权配对算术平均法 (UPGMA) 方法。