蛋白质组学与生物信息学杂志
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感染印度西葫芦 (Cucurbita pepo L.) 的西葫芦黄花叶病毒部分外壳蛋白基因序列的比较计算机分析

Sharma Neha、Bhardwaj Satya Vrat、Jarial Kumud、Thakur PD、Kaur Ra​​jinder 和 Handa Anil

西葫芦黄花叶病毒（ZYMV；科：马铃薯病毒科，属：马铃薯病毒属）是一种感染西葫芦的严重病毒，对作物和观赏葫芦作物生产造成严重损害。在本研究中，对感染西葫芦的 ZYMV（在基因组和蛋白质组水平）进行了分子鉴定，并扩增了约 700bp 的 cDNA。PCR扩增产物进一步测序和分析。确定了西葫芦黄花叶病毒印度分离株（ZYMV）的 154 个核苷酸的部分外壳蛋白序列，并将其翻译为蛋白质。随后，该序列被提交至NCBI，并获得登录号。GU144796，蛋白质 ID ACZ36948。在BLASTN分析中，核苷酸测试序列显示与D13914（来自美国的序列）的同源性为91％，而蛋白质测试序列为75。BLASTP 分析中与数据库中存在的许多蛋白质序列同源性为 9%。测试序列与从 NCBI 数据库检索到的 67 个 ZYMV 分离株的比对得分在各个国家中美国最高，在核苷酸方面中国最低，在蛋白质方面韩国最低。系统发育分析显示测试病毒序列与美国ZYMV CP（D13914）相似，部分多蛋白序列与日本病毒（BAE75935）相似。发现测试病毒的保守结构域与马铃薯Y病毒外壳蛋白结构域比对集合(pfam00767)表现出同源性。计算限制性消化显示有 22 种不同的限制性内切酶限制目前的 ZYMV 分离株。