渔业与水产养殖杂志
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暴鲤鱼睾丸转录组的从头组装和分析

Frank J Zadlock IV、Satshil B Rana、Zain A Alvi、张子平、Wyatt Murphy 和 Carolyn S Bentivegna

背景：鲱鱼（Bervoortia tyrannus）是海洋生态系统中最重要的鱼类之一，也是支持大西洋和墨西哥湾沿岸主要渔业的重要物种。然而，从遗传方面来说，人们对鲱鱼知之甚少。该项目的目标是将高通量测序应用于鲱鱼的睾丸，以提供进一步研究其种群动态所需的遗传工具

结果：我们将 Illumina Next Seq 500 技术应用于两个不同的睾丸，并使用 Velvet/Oases 进行从头组装，最终构建了 254,462 个重叠群。应用 BLASTX 根据非冗余蛋白质数据库注释重叠群，结果匹配率为 46.89%。为了验证组装的准确性，将读数映射回转录本 (RMBT)，比例为 87.83%。为了通过实验验证组装结果，根据组装的转录组设计引物，并通过桑格测序验证PCR产物。为了增强带注释的重叠群的功能分类，使用基因本体论 (GO)、京都基因和基因组百科全书 (KEGG) 和直系同源群簇 (COG) 数据库对它们进行了进一步分类。

结论：这项研究是第一份关于霸王鱼睾丸转录组注释概述的报告，从而产生了迄今为止最全面的鲱鱼遗传资源。这项工作可以为未来暴龙的基因表达分析、功能研究和繁殖研究提供资料库。这将增强种群监测能力，并可作为其他鱼类模型比较研究的基准。总体而言，这项研究将为研究霸王龙的研究人员带来新的机遇并带来新的见解。